대학 설립을 안정적으로 추진하기 위하여 1955년 '대학설치기준령'이 제정되면서 대학박물관의 설치가 권장되기 시작하였다. 이후 1961년에는 한국대학박물관협회가 조직되었고, 1967년에는 '대학설치기준령'이 개정되면서 종합대학 설립시 대학박물관의 설치가 의무화되었다. 이와 더불어 1970년대에는 경제발전과 맞물려 각종 유적조사와 발굴이 활발하게 진행되었고, 이러한 결과물을 바탕으로 전국에는 수많은 대학박물관이 건립되었다. 그중 대전에 위치한 한남대학교에는 고고분야의 중앙박물관과 과학분야의 자연사박물관이 자리하고 있다.

한남대학교 중앙박물관과 자연사박물관은 캠퍼스 내에 중앙도서관 건물 4층과 5층에 위치하고 있다.

먼저 중앙박물관은 1982년 3월에 개관한 이래 각종 문화유적 발굴조사와 연구 활동을 활발하게 진행하고 있다. 또한 기독교 이념을 가진 대학인 만큼 기독교 전래과정 및 학교 발전사를 체계적으로 살펴볼 수 있는 자료를 수집, 보존, 연구, 전시, 교육하고 있다.

박물관 전시실은 종합전시실, 기와전시실, 백제토기요지실, 기독교선교자료실, 고문서실, 민속실, 기획전시실 등으로 이루어져 있다. 종합전시실은 구석기시대부터 조선시대까지 석기, 토기, 자기, 와전, 금속 등의 각종 고고유물을 전시하고 있으며, 기와전시실은 수막새, 귀면와, 치미, 전돌 등 고구려, 백제, 신라, 일본, 중국의 기와를 나라별로 전시하고 있다. 백제토기요지실은 충북 진천군 삼룡리와 산수리 일대에서 발굴한 가마터의 각종 유물과 백제 초기 토기가마를 실물크기로 복원하여 전시하고 있다. 기독교선교자료실은 100여년 전 한국에서 활동한 선교사들의 물품과 기록물 등을 전시하고 있으며, 고문서실은 사통(私通), 기축추수기(己丑秋收記) 등의 생활문헌자료와 동학농민운동의 자료를 전시하고 있다. 민속실은 안방, 사랑방, 부엌 등의 집 안을 재현해 놓고, 관혼상제에서 사용하던 용품을 전시하고 있다.

다음으로 자연사박물관은 1984년 4월에 개관하여 식물, 동물, 곤충, 화석 및 자연사 관련 자료를 수집, 보존, 연구, 전시, 교육하여 일반인과 학생들의 자연에 대한 관심을 증대시키는 한편, 수정표본 목록 작성 및 도록 발간 등의 연구 활동도 병행하고 있다.

박물관 전시실은 상설전시실, 종합전시실, 특별전시실로 이루어져 있다. 상설전시실은 과거와 현재의 자연을 비교하여 분야별·주제별 표본 전시를 하고 있으며, 종합전시실은 포유류 및 어류의 생태를 할 수 있는 해양 수족관을 운영하고 있다. 특별전시실은 자연, 동물, 생물 등을 주제로 다양한 교체전시를 진행하고 있다.

한남대학교는 대전기독교학관, 대전대학, 숭전대학으로 교명을 변경하면서 어느덧 54주년을 맞이한 대전권 명문사학이다.

한남대학교 박물관도 대학의 역사만큼 긴 역사성을 지니고 있을 정도로 오롯이 그 자리에서 지속적인 연구활동을 바탕으로 대학박물관 본연의 의무를 다했다고 볼 수 있다.

비록 평일 낮시간에 관람을 해야 하는 단점이 있긴 하지만 충청권 토기문화와 생태문화를 모두 무료로 관람할 수 있는 종합적인 문화예술공간이다.